هسته‌های موضوعی شکل کوچکتری از کارگروه‌های طرح ساهب هستند و بخشی از اهداف طرح ساهب را محقق می‌کنند که توسط دانشجویان دغدغه‌مند اداره می‌شود و با توجه به محدودیت‌های اجرایی هسته‌ مرکزی بین‌الملل، تداوم این هسته‌ها به انگیزه و فعالیت دانشجویان بستگی دارد و هسته مرکزی در حد توان پشتیبانی‌های لازم را انجام می‌دهد.